الزعتر وغيره من النباتات الطبيعة العطرية يمثل عودة للطبيعة وعودة للصحة والقوة بجانب الرائحة الطيبة والطعم المميز  بعيدا عن مكسبات الطعم الصناعية لبتاي أضرارها أكثر بكثير من فوائدها.

وللزعتر فوائد كثيرة، أهمها:

- مضاد حيوي طبيعي وهو ما أكدته نتائج إحدى الدراسات أن المواد المسؤولة عن الطعم في النبات (تيمول وكربكرول) لديهم القدرة على التعامل مع البكتيريا والفطريات على نحو أكثر فعالية من المضادات الحيوية.

- علاج أمراض الجهاز التنفسي فهو مفيد جداً في علاج ظواهر فصل الشتاء وحل مشاكل الجهاز التنفسي (يشمل تلك الناتجة عن فيروس)، مثل:

السعال الرطب.

الربوّ.

التهاب الشعب الهوائية المزمن.

-تخفيف الانسداد وموازنة فائض أو نقص المخاط، وهو أمر مهم جداً في حالات نزلات البرد.

- علاج مشاكل الجهاز الهضمي: يعتبر مفيداً في عميلة تنظيف الدم والالتهابات في المسالك البوليّة.

- يكافح الأمراض السرطانية: فمؤخراً اكتشف ان هذه المكونات الفعاله قد تمنع نمو الأورام السرطانية وفيروس نقص المناعة البشريةHIV.

-تعقيم الجسم، تخفيف ألام الرأس، تقوية الذاكرة والذكورة.

-علاج الاستسقاء، الوذمة، الالتهابات والتبول المفرط بالإضافة الى تنظيم الحيض.

في الطب الشعبي، الزعتر هو احد النباتات الاكثر أهمية فهو يستخدم لعلاج ألآم البطن، الغثيان، نزلات البرد، ألآم الأذن، السعال، ألآم الرأس، الديدان في المعدة، الأكزيما، التهابات اللثة وغيرهم.

- تعزيز صحة القلب حيث يساعد في خفض مستويات ضغط الدم المرتفعة.

- خفض مستويات الكوليسترول حيث يساهم تناول الزعتر الجاف في خفض مستويات الكوليسترول المرتفعة.

- علاج الكحة من أكثر فوائد الزعتر الجاف انتشارًا ومعرفة هي دوره في علاج الكحة والسعال والتخفيف منها.

- تقوية عمل الجهاز المناعي لاحتوائه على عدد كبير منها، فهو غني بفيتامين سي وفيتامين أ، والنحاس والألياف الغذائية والحديد والمنغنيز، وجميعها ضرورية لتقوية.

وبرغم فوائد المتعددة فإن الأطباء تحذر من الاستخدام المفرط له كما تنصح مرضى الكبد بالابتعاد:

 فينصح الذين يعانون من ارتفاع في ضغط الدم، بالابتعاد عن تناول الزعتر بجميع أشكاله، إذ إنه يعمل على زيادة الضغط، وبالتالي فهو يفاقم المرض.

الزعتر يؤثر على مستويات الهرمونات التي يتم إفرازها من الغدة الدرقية، وبالتالي لا ينصح الذين يعانون من اضطرابات أو مشاكل في الغدة الدرقية بتناول الزعتر، هذا عدا عن تأثيره على الهرمونات المفرزة من الغدة الكظرية، لذلك يجب الحرص على استشارة الطبيب في حالة تم شرب الزعتر أو تناوله، خاصة إذا كان الشخص يتناول بعض الأدوية. من الممكن أن تتعرض النساء في الأشهر الثلاثة الأولى إلى خطر الإجهاض، لذلك لا يجب على النساء الحوامل شرب الزعتر، وحتى المرضعات فيما بعد. قد يتعرض المصابون بمرض القلب لخطر الإصابة بتوقّفه عن النبض، كما أنه قد يزيد من سرعة النفس. تؤدي ملامسة الزيت المستخرج من الزعتر إلى حدوث تهيّج في الجلد، أو البشرة، كما أنّه قد يسبّب التقرحات أو الالتهابات في بعض الأحيان.